W 2005 r. M. Ross ulokował języki timor-alor-pantar w grupie zachodniej języków transnowogwinejskich (wespół z językami dani, językami zachodniego Bomberai i językami jezior Paniai/Wissel). Taką też klasyfikację odzwierciedla Ethnologue (wyd. 23). Autorzy publikacji Glottolog (2.3, 4.6) rozpatrują te języki jako samodzielną rodzinę językową. Dotychczasowe poszlaki (oparte na podobieństwach w leksyce i systemach zaimków), które miałyby łączyć je z transnowogwinejskimi, uznano bowiem za niewystarczające dla stwierdzenia pokrewieństwa. Podobnie języki zachodniego Bomberai (West Bomberai) wyróżniono jako oddzielną rodzinę językową, nie klasyfikując tej grupy w ramach języków transnowogwinejskich, ani nie potwierdzając jej związku z timor-alor-pantar (Glottolog 2.2, Glottolog 4.6). T. Usher i A. Schapper (2022) postulują pokrewieństwo timor-alor-pantar z językami zachodniego Bomberai, wykazując istnienie regularnych zależności dźwiękowych. Ich najbliższymi krewnymi mają być zatem oddalone geograficznie języki kalamang oraz iha i mbahaam, tworzące z timor-alor-pantar trzy gałęzie rodziny Greater West Bomberai.