W czerwcu 1930 roku został przeniesiony do Ministerstwa Obrony Narodowej, gdzie został referentem wyszkolenia w I Wydziale MON, a w 1932 został kierownikiem oddziału szkolenia w tym wydziale. W tym czasie był również redaktorem fachowego pisma wojskowego „Perspektywy piechoty” oraz członkiem zarządu firmy Zbrojovka Brno. W październiku 1935 roku został dowódcą 6 batalionu granicznego w Domažlicach. W 1936 roku ukończył trzymiesięczny kurs w Centrum Wyszkolenia Piechoty we Francji. W sierpniu 1938 roku uczestniczył w wypadku samochodowym, doznając ciężkich obrażeń ciała. Po wyleczeniu w szpitalu został skierowany na urlop zdrowotny, na którym przebywał do czasu rozwiązania armii czechosłowackiej w związku z zajęciem przez Niemcy Czechosłowacji.
Po utworzeniu Protektoratu Czech i Moraw w trybie administracyjnym został przeniesiony do wojsk rządowych Protektoratu, jednak po czterech miesiącach na własną prośbę wystąpił z nich. Wstąpił wtedy do podziemnej organizacji wojskowej Obrona Narodu, gdzie współpracował z płk. J. Vedralem i płk. Č. Kudláčkiem (pierwszy szef sztabu organizacja Obrona Narodu). W dniu 22 lutego 1940 roku zagrożony aresztowaniem nielegalnie opuścił Czechosłowację.