W 1992 szpital w Prudniku otrzymał nowoczesne wyposażenie podarowane przez Niemcy. W czasie powodzi tysiąclecia, 9 lipca 1997 do szpitala w Prudniku ewakuowano pociągiem pediatrię, chirurgię urazową i chirurgię ogólną ze szpitala w Nysie, łącznie około 150 pacjentów. Szpitale w Prudniku i Nysie kontaktowały się ze sobą za pomocą radiostacji. Do czasu przybycia pociągu karetkami z Nysy przywieziono do Prudnika 27 kobiet i 8 noworodków na oddział położniczy. Ze stacji kolejowej do szpitala przewieziono chorych dwudziestoma karetkami.
Na przełomie XX i XXI wieku Zespół Opieki Zdrowotnej w Prudniku w zakresie pomocy doraźnej i opieki specjalistycznej działał na terenie gmin Prudnik, Lubrza, Korfantów, Głogówek i Biała. Oddziały dermatologiczny i zakaźny ponadto obejmowały swoim zasięgiem gminy ościennych powiatów. Szpital nr 1 dysponował 137 łóżkami i znajdowały się w nim oddziały: dziecięcy, chirurgiczny, dermatologiczny i zakaźny. Szpital nr 2 liczył 200 łóżek i mieścił oddziały: wewnętrzny, ginekologiczno-położniczy, noworodkowy i neurologiczny. mały|Szpital nr 2 w Prudniku, późniejszy Dom św. Jana Bożego W kwietniu 2002 zadłużona Opolska Regionalna Kasa Chorych ogłosiła plany likwidacji Zespołu Opieki Zdrowotnej w Prudniku wraz z placówką w Głogówku w ciągu kilku miesięcy.