Po aneksji Austrii przez Rzeszę Niemiecką w marcu 1938 roku Thomas uciekła przez Czechosłowację, Węgry, Jugosławię i Włochy do Francji. Dwa lata później została internowana w obozie dla kobiet w Paryżu, a wkrótce potem w obozie w Gurs, z którego udało jej się uciec i we wrześniu 1940 roku wyjechać do Stanów Zjednoczonych. Wyjazd do USA umożliwił jej pisarz Hermann Kesten (1900–1996), który wystarał się o wizę dla pisarki. W USA Thomas utrzymywała się z tantiem za jej utwory wydane zagranicą. W 1942 roku została sekretarką europejskiego oddziału Free World Association i pracowała dla magazynu „Free World”. W USA wydała kolejne powieści, bazujące na doświadczeniach na wygnaniu, Reisen Sie ab, Mademoiselle! (1944) i Ein Fenster zum East River (1945).
W 1947 roku pojechała za austriackim socjaldemokratą Juliusem Deutschem (1884–1968) do Austrii i osiadła w Wiedniu. Pisała wówczas m.in. dla dziennika „Neues Österreich”. W 1951 roku poślubiła Deutscha.
Thomas zmarła 5 listopada 1980 roku w Wiedniu.