Rodzinom pozwolono spakować niektóre rzeczy osobiste (ubrania, naczynia, narzędzia rolnicze, sprzęty domowe) i żywność. Jednak zdezorientowani ludzie nie mieli czasu ani zasobów, by się odpowiednio przygotować do podróży. W przeciwieństwie do deportacji w czerwcu 1941 r. rodziny deportowane osiem lat później nie zostały rozdzielone. Ludzi transportowano na stacje kolejowe różnymi środkami komunikacji: powozami, ciężarówkami lub statkami towarowymi (z estońskich wysp Saaremaa i Hiiumaa).
Ponieważ ludność doświadczała już wcześniej masowych deportacji, rozpoznawano sygnały zwiastujące nieszczęście (np. przybycie nowych żołnierzy i pojazdów wojskowych) i próbowano się ukryć. Dlatego członkowie wyznaczonych przez władze grup urządzali zasadzki, śledzili i przesłuchiwali krewnych, przeprowadzili masowe kontrole paszportowe itp. Wbrew przepisom odpowiedzialni za deportacje wojskowi dostarczali dzieci bez rodziców na stacje kolejowe w nadziei, że rodzice dobrowolnie się pojawią.
Pociągi kierowano do obwodu nowosybirskiego, omskiego, irkuckiego i Kraju Krasnojarskiego. Zesłańców do obwodu omskiego umieszczono wokół terenów poligonu w Semeju, gdzie w latach 1949–1956 przeprowadzono około 260 prób nuklearnych.