W 1495 zmarł jego protektor, król Jan II, a jego następcą został Manuel I, przeciwnik swego poprzednika i jego ludzi.
W wieku 25 lat Ferdynand wypłynął po raz pierwszy na morze. W 1505 roku popłynął do Indii, aby wprowadzić tam Francisca de Almeidę na urząd portugalskiego wicekróla i założyć po drodze bazy wojskowe i morskie. To właśnie tam uzyskał chrzest bojowy: gdy miejscowy król odmówił płacenia daniny, oddziały Almeidy zdobyły muzułmańskie miasto Kilwa w dzisiejszej Tanzanii.
W 1513 roku Magellan został wysłany do Maroka, gdzie 28 sierpnia wziął udział w bitwie pod Azamorem i został poważnie ranny w kolano w trakcie oblężenia mauretańsko-marokańskiej twierdzy. Mimo awansu na kwatermistrza Magellanowi nie wiodło się dobrze: został oskarżony o nielegalny handel z muzułmańskimi Mauretanami. Wdał się też w konflikt z Almeidą: gdy opuścił bez zezwolenia armię, Almeida posłał negatywny raport o żeglarzu na portugalski dwór. Kilka oskarżeń wycofano, ale Magellan popadł w niełaskę króla Manuela I, który wprawdzie podniósł go do godności fidalgo escudeiro, ale odmówił podwyższenia dochodów.