W marcu 1939 r. nowym właścicielem synagogi został kupiec Alois Fandrych. Na przełomie 1938 i 1939 roku zaostrzono restrykcje wobec Żydów, przez co nie mogli oni uczestniczyć w życiu publicznym. Mieli oni kategoryczny zakaz wstępu do kin, teatrów, basenów oraz parków miejskich. Ponadto nie mogli oni podróżować wagonami sypialnymi i mieli zakaz posiadania odbiorników radiowych. W Nysie Żydzi wykonywali najgorsze prace jak chociażby sprzątanie ulic.
W 1942 roku 90 Żydów, którzy pozostali w Nysie zostało deportowanych do obozu Auschwitz-Birkenau, a rok później Gestapo przejęło na własność cmentarz żydowski co stanowiło kres istnienia niemieckojęzycznej społeczności żydowskiej w Nysie.
W roku 1945 podczas walk toczonych w mieście między Wehrmachtem, a Armią Czerwoną, nyska synagoga została zburzona. Obecnie w jej miejscu znajduje się przedszkole nr 8.
Pod koniec tysiąclecia, a konkretnie w latach 1997–1998 gmina żydowska z Wrocławia postulowała w nyskim magistracie o zwrot terenu przy ulicy Karola Miarki (opierając się o ustawę z 20.02.1997r. o stosunku państwa do gmin wyznaniowych żydowskich w RP), który przed wojną należał do nyskiej gminy żydowskiej – stała tam synagoga oraz budynek szkoły.