Spowodował on znaczne ograniczenie finansowania Gedanii przez PKP. Wszystkie sekcje ograniczyć musiały wydatki i nabór młodych zawodników.
Zadłużenie klubu i zła sytuacja materialna wszystkich sekcji spowodowała reorganizację KKS Gedania, dokonaną w 2003 i 2004 roku. Wszystkie sekcje klubu stały się niezależnymi jednosekcyjnymi stowarzyszeniami. Statut jednosekcyjnego Gdańskiego Towarzystwa Wioślarskiego „Gedania” uchwalony został 15 kwietnia 2003 roku. Przeniesienie na ten podmiot majątku sekcji wioślarskiej dotychczasowego klubu i rejestracja zakończyła się w czerwcu 2004. GTW Gedania została organizacją pożytku publicznegoDane z Krajowego Rejestru Sądowego ekrs.ms.gov.pl [dostęp: 2020-03-22].
W XXI wieku klub nie zdołał nawiązać do wcześniejszych sukcesów. Obecnie ogranicza się do działalności wioślarskich mastersów i – w ograniczonym zakresie – szkolenia młodszych zawodników. Infrastruktura przystani klubowej jest jednak nie najlepsza (pomimo modernizacji w latach 2013-2015), a sprzęt pływający jest w złym stanie technicznymInfrastruktura klubów wioślarskich w Polsce. Inwentaryzacja bazy sportowej, Warszawa 2016, s.