Kukułki wschodnie na Jawie i Sumatrze zimują w nizinnych lasach deszczowych, w lasach wtórnych, na uprawach i przybrzeżnych wyspach. Na Borneo swoje zimowiska mają w pierwotnych i wtórnych lasach dwuskrzydlcowatych. Pod względem liczebności zimującej populacji kukułki syberyjskie i wschodnie są podobnie duże. Na wyspach Wallacei zimują w nizinnych lasach, na obrzeżach lasów i luźno zadrzewionych plantacjach oraz w zadrzewieniach.
W Pakistanie kukułki wschodnie występują w lasach mieszanych powyżej 1800 m n.p.m. – są nieobecne powyżej linii drzew, gdzie występują kukułki zwyczajne (C. canorus) oraz w subtropikalnych lasach sosnowych, gdzie występują kukułki krótkoskrzydłe (C. micropterus) i siwobrzuche (Cacomantis passerinus). W chińskim regionie Kuangsi spotykane są między 1400 a 1600 m n.p.m. w lasach bukowych; ogółem w Chinach między 1300 a 2700 m n.p.m. (dane dotyczące i kukułek wschodnich, i syberyjskich). W Nepalu odnotowywane między 1525 a 3355 m n.p.m., w Bhutanie głównie na wysokości 1000–2800 m n.p.m., ogółem – 600–3600 m n.p.m., w Azji Południowo-Wschodniej – między 800 a 2300 m n.p.m.