28 lutego 1933, po dojściu do władzy narodowych socjalistów Stöcker wyemigrowała do Zurychu. Z akt tajnej policji (Gestapo) z 1937 wynika, że unieważniono jej przynależność do Rzeszy, jej doktorat też został unieważniony. Narodowi socjaliści skonfiskowali jej depozyty bankowe i zniszczyli skrzynki z jej manuskryptami. 9 marca 1938 została pozbawiona obywatelstwa niemieckiego. W 1940 przeprowadziła się do Szwecji. W 1941 Stöcker wyemigrowała do Stanów Zjednoczonych przez Związek Radziecki. Tam intensywnie pracowała nad swoją autobiografią, której nigdy nie ukończyła.
23 lutego 1943 Helene Stöcker zmarła w Nowym Jorku.
Życie prywatne W 1905 Stöcker poznała berlińskiego prawnika, Brunona Springera, z którym pozostawała w związku partnerskim aż do jego śmierci. Jej partner życiowy zmarł 12 lutego 1931.
Publikacje 1904: Zur Kunstanschauung des 18. Jahrhunderts: Von Winckelmann bis zu Wackenroder, 1906: Die Liebe und die Frauen. Ein Manifest der Emanzipation von Frau und Mann im deutschen Kaiserreich, 1910: Krisenmache. Eine Abfertigung, 1912: Ehe und Konkubinat, 1912: Karoline Michaelis.