Kapitan i dwóch innych członków załogi pozostało na mostku, reszta marynarzy chowała się pod pokładem kolejno wyłączając systemy sterowania i zasilania. Czwórka piratów zdołała objąć kontrolę nad mostkiem oraz schwytać Phillipsa. Porywacze rozpoczęli przeszukiwanie statku z czego wywiązała się potyczka w maszynowni pomiędzy inżynierem pokładowym a dowódcą piratów, który obezwładniony po ranieniu nożem został skrępowany. Po wielu godzinach cierpienia w przegrzanej maszynowni załoga próbowała wymienić pirata, którego schwytali na kapitana, ale wymiana poszła nie tak i piraci odmówili przestrzegania umowy po tym, jak załoga zwolniła jeńca. Piraci nie mogąc uzyskać pełni kontroli nad statkiem postanowili wycofać się, zabierając ze sobą kapitana Phillipsa do łodzi ratunkowej którą planowali dopłynąć do wybrzeża Somalii, gdzie mogliby wymusić za niego okup. 8 kwietnia niszczyciel amerykańskiej Marynarki Wojennej USS „Bainbridge” i fregata zostały wysłane do Zatoki Adeńskiej w odpowiedzi na sytuację zakładników i dotarły do „Maersk Alabama”. 9 kwietnia przystąpiono do negocjacji z porywaczami dzięki którym udało się zabrać jednego z nich – Abduwail'a Muse na pokład USS „Bainbridge” gdzie miał negocjować wysokość okupu, co było kłamstwem Marynarki.