W 1897 powrócił do armii i objął stanowisko adiutanta generalnego Ferdynanda I.
16 stycznia 1908 ponownie stanął na czele resortu wojny w gabinecie Petyra Gudewa i zajął się przygotowaniami armii bułgarskiej do nadchodzącej wojny z Turcją. 22 września 1908 był jednym z sygnatariuszy manifestu o niepodległości Bułgarii. W 1909 jako pierwszy oficer armii bułgarskiej został awansowany na stopień generała piechoty. W czasie wojen bałkańskich był komendantem garnizonu w Jambole.
Był żonaty (żona Radka), miał syna Nikołę (podpułkownika armii bułgarskiej, ofiary zamachu w Cerkwi Świętej Niedzieli). Imieniem generała Danaiła Nikołaewa nazwano bulwar w Sofii i jedną z ulic w Płowdiwie.
Awanse podporucznik (Подпоручик) (1876) porucznik (Поручик) (1877) sztabskapitan (штабс-капитан) (1880) major (Майор) (1883) podpułkownik (Подполковник) (1885) pułkownik (Полковник) (1885) generał major (Генерал-майор) (1891) generał porucznik (Генерал-лейтенант) (1900) generał piechoty (Генерал от пехотата) (1909)
Odznaczenia Order Waleczności 1. i 2. st.