W 1737 opracował plany reorganizacji Pogranicza Wojskowego, których celem było przekształcenie tamtejszych nieregularnych oddziałów w regularną armię i podporządkowanie ich bezpośrednio Wiedniowi. Plany te jednak nie zostały wówczas zrealizowane z powodu wojny austriacko-tureckiej. Józef Fryderyk otrzymał dowództwo korpusu i jego zadaniem było zdobycie Banja Luki – musiał jednak ustąpić wobec przewagi tureckiej. Odznaczył się w innych starciach tej wojny, m.in. w bitwie pod Grocką 23 lipca 1739, podczas której osłaniał odwrót cesarskiego wojska. Po wojnie powrócił do Komárna, a w 1741 awansował na stopień marszałka polnego. Podczas wojny o sukcesję austriacką najpierw dowodził oddziałami austriackimi ściąganymi z Italii, a następnie powierzono mu tworzenie oddziałów powstańczych na Węgrzech. W 1744 został komendantem wojskowym Austrii wewnętrznej (Styria, Karyntia, Kraina i Pobrzeże). Objął także władzę w Pograniczu Wojskowym, gdzie przeprowadził zaplanowane kilka lat wcześniej reformy. W 1749 złożył pełnione funkcje.
Po wybuchu wojny siedmioletniej otrzymał dowództwo armii Rzeszy działającej w Turyngii, został jednak pokonany przez króla Prus Fryderyka II w bitwie pod Rossbach 5 listopada 1757. W styczniu 1758 wystąpił ze służby.