Gdy przybył do USA, okazało się, że wskutek choroby nerek przebywał w szpitalu we Francji, z którego nie mógł wysłać wiadomości. Bardzo zdenerwował się zwolnieniem z pracy, jak również problemami rodzinnymi – jego żona w tym czasie rozwiodła się z nim. NYBG, w ramach rekompensaty, dał mu pracę, znacznie jednak gorszą zarówno pod względem wynagrodzenia, jak i prestiżu. Ze złamanym sercem i zawodowo niezadowolony wrócił do rodzinnego stanu Wirginia i zamieszkał we własnej niewielkiej chatce, borykając się z kłopotami finansowymi i psychicznymi. Do końca życia cierpiał też na dolegliwości związane z nerkami. Zmarł w wieku 88 lat w Gainesville na Florydzie.
Praca naukowa William Alphonso Murrill znany jest z wkładu w wiedzę o pieczarkowcach (Agaricales) i żagwiowcach (Polyporales). Był bardzo wpływową osobą w NYBG, ale jego ekscentryczna osobowość sprawiała problemy z jego pracą. Czasem wyjeżdżał do Meksyku, Karaibów, Europy i Ameryki Południowej, nie uprzedzając wcześniej żadnego z kolegów. Wyjazdy te zaowocowały zebraniem 70 000 okazów, z których 1400 zdeponowano w NYBG.