Praca naukowa Prace Patouillarda są znaczące, zarówno pod względem ilościowym (prawie 250 publikacji), jak i jakościowym. Jego doskonałą znajomość flory tropikalnej, której był jednym z pierwszych i najlepszych specjalistów, potwierdza ponad sto prac poświęconych grzybom z Brazylii, Chile-Patagonii, Chin, Konga, Kostaryki, Kuby, Ekwadoru, Gwadelupy, Gujany, Indii, Jawy, Japonii, Luizjany, Martyniki, Meksyku, Nowej Kaledonii, Filipin, Sahary, Tybetu, Tonkinu, Tunezji, Wenezueli. Jego niezwykłe analizy mikroskopowe pozwoliły mu zaproponować nową klasyfikację podstawczaków (Basidiomycetes).
W 1885 roku Francuska Akademia Nauk przyznała mu dyplom za pracę Opisy i analizy mikroskopowe nowych, rzadkich lub krytycznych grzybów, opublikowane w siedmiu fascykułach od 1883 do 1889 roku. Był jednym z założycieli Société mycologique de France i był jego trzecim prezydentem w latach 1891–1892. W 1920 roku został członkiem honorowym British Mycological Society. Docenił go Uniwersytet Harvarda w Cambridge nabywając cały jego zielnik.