W sezonie 1987/88 zwyciężył najpierw w grupie B drugiej ligi, potem w rundzie drugiej znów był pierwszym w grupie B, jednak przegrał finał o tytuł mistrza ligi. Następnie w barażach z Dinamo Tirana zmagał się o awans do Kategoria e Parë. Pierwszy mecz w Tiranie zakończył się wynikiem 1:0 dla gospodarzy. W rewanżu 5 czerwca 1988 w Kuçova Dinamo znów wygrało 1:0, ale z powodu incydentów spowodowanych przez jego fanów został zawieszony na następny rok przez federacjęCalcio Mondiale Web – Albania – 2^ Divisione 1987/88.. Od sezonu 1989/90 klub występował w drugiej lidze. W 1991 miasto wróciło do nazwy Kuçovë, w związku z czym klub stał nazywać się Naftëtari Kuçovë. W 2005 klub spadł do Kategoria e Dytë. W sezonie 2006/07 zajął trzecie miejsce w grupie 2 trzeciej ligi. Później Federacja postanowiła jednak poszerzyć grono uczestników kategorii A, promując również drużyny z drugich miejsc. KF Skrapari i Naftëtari Kuçova (ponieważ KF Cakrani nie spełniał wymóg awansu) zostali promowani do drugiej ligi. Po dwóch sezonach w 2009 znów spadł do trzeciej ligi. Potem jeszcze w sezonach 2012/13, 2014/15 i 2017/18 występował w Kategoria e Parë, ale nie potrafił się utrzymać w drugiej lidze.