W czasie swoich terenowych wypraw De Notaris odkrył i opisał wiele nowych gatunków roślin.
W dziedzinie mykologii był pierwszym, który oparł się lansowanej wówczas tezie o niewłaściwości stosowania mikroskopu, obserwacje za pomocą którego rzekomo dawały błędne wyniki. Był pierwszym, który opracował systematykę grzybów workowych (Ascomycetes), ale szczególnie zainteresował się grzybami Pyrenomycetes (obecnie są to Sordariomycetes). Na spotkaniu włoskich naukowców w 1845 r. w Mediolanie przedstawił podstawy klasyfikacji i oznaczania grzybów w oparciu o mikroskopową analizę zarodników i owocników. Opracowane dla grzybów metody stosował także przy oznaczaniu i klasyfikowaniu porostów. W oparciu o mikroskopową analizę ich budowy poddał krytyce dotychczas używany dla porostów system klasyfikacji i opracował nowy.
W nazwach naukowych utworzonych przez Giuseppe De Notarisa taksonów dodaje się skrót jego nazwiska De Not.