Katarzyny Aleksandryjskiej.
1998 – Dzięki funduszom pochodzącym od władz miasta, prywatnych sponsorów i władz wojewódzkich wykonane zostały mechanizmy do gry ręcznej i czwarta oktawa (od cis4 do c5) carillonu znajdującego się na wieży kościoła św. Katarzyny Aleksandryjskiej, zajmowanej przez Muzeum Zegarów Wieżowych. Tym samym liczba dzwonów tego koncertowego instrumentu wzrosła do 49.
1 stycznia 2000 – Zmiana nazwy instytucji z Muzeum Historii Miasta Gdańska na Muzeum Historyczne Miasta Gdańska.
luty 2000 – Decyzją Zarządu Miasta Gdańska powołane zostało Muzeum Bursztynu, jako Oddział Muzeum Historycznego Miasta Gdańska. Jego siedzibą zostało Przedbramie ulicy Długiej, w którym obecnie trwają prace remontowo-adaptacyjne.
listopad-grudzień 2000 – Na wieży Ratusza Głównego Miasta zamontowany został nowy, 37-dzwonowy, koncertowy carillon, wykonany przez holenderską wytwórnię dzwonów i carillonów z miasta Asten.
listopad 2015 – Dyrektorem został prof. nadzwyczajny UG dr hab. Waldemar Ossowski.
30 stycznia 2018 – Zgodnie z Uchwałą Rady Miasta Gdańska z 18.12.2017 przemianowanie Muzeum Historycznego Miasta Gdańska na Muzeum Gdańska.
24 lipca 2021 – przeniesienie Muzeum Bursztynu z Katowni i Wieży Więziennej do Wielkiego MłynaŻycie zatopione w bursztynie.