W tym samym roku przeszedł kwalifikację wojskową, w czasie której zaliczono go do pospolitego ruszenia ze zwolnieniem od obowiązku noszenia broni.

Po niemieckiej agresji na Polskę wraz z grupą braci franciszkanów z Wieliczki otrzymał polecenie udania się na wschód, do Chełma. Tam posługiwał jako sanitariusz w szpitalu polowym Armii „Lublin”. Po sowieckiej agresji na Polskę 17 września 1939 r. w nieznanych okolicznościach został schwytany przez Armię Czerwoną. Najbardziej rozpowszechniona wersja wydarzeń mówi o tym, że nosił w tych dniach płaszcz po zabitym poruczniku WP i został przez to omyłkowo zakwalifikowany przez władze sowieckie jako oficer i kapelan. Początkowo przebywał w obozie przejściowym w Szepetówce, skąd w listopadzie 1939 trafił do obozu jenieckiego w Starobielsku. Ostatecznie przewieziono go do obozu w Kozielsku. W niewoli kontynuował pracę duszpasterską. Ocalali ze zbrodni katyńskiej oficerowie wspominali, jak brat Dominik zwierzał się im, że chce zostać „apostołem w Rosji”. Między 10 a 11 maja 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 054/3 z 5 maja 1940.