Historia, mos.elk.pl [dostęp: 2020-04-15].
W związku z przekształceniami ustrojowymi, w roku 1993 sekcję wioślarską przejęło lokalne Kuratorium Oświaty. W oparciu o ówczesną ustawę o systemie oświaty, utworzyło ono Międzyszkolny Ośrodek Sportowy w Ełku, który przejął również przystań wioślarską. W klubie tym obok sekcji wioślarskiej działać zaczęła sekcja żeglarska. W 1999 roku – po reformie administracyjnej – organem nadzoru stał się Starosta Powiatowy w Ełku.
Na przełomie XX i XXI wieku rozpoczęło się pasmo sukcesów zawodników sekcji wioślarskiej. Na mistrzostwach Polski młodszych kategorii wiekowych co roku zdobywali liczne medale. Regularnie powoływani byli do reprezentacji Polski juniorów. Po osiągnięciu wieku młodzieżowca, kontynuowali oni szkolenie w innych, bogatszych klubach w większych miastach. Część z nich osiągnęła znaczące sukcesy na arenie międzynarodowej – z udziałem w igrzyskach olimpijskich włącznie. W okresie tym powstały dwie nowe sekcje: pływacka i lekkoatletyczna.