Metafizyka Arystotelesowską metafizykę, czyli filozofię bytu Tomasz wzbogacił o dodatkowy aspekt – istnienie. Dostrzeżone przez Arystotelesa dwie wewnętrzne przyczyny bytu: materia i forma, będące odpowiednio możnością i aktem, trzeba uzupełnić o istnienie, będące przyczyną sprawczą. Dopiero złożenie istoty (natura, łac. essentia, quidditas), która jest możnością, i istnienia (esse), które jest aktem, daje istniejący byt, substancję. Istotą każdej rzeczy jest to, co właściwe gatunkowi, do którego należy – co zawarte jest w definicji gatunku. Rzeczy stworzone istnieją nie dzięki swej istocie, lecz dzięki temu, co nazywamy istnieniem (łac. esse). W tym leży zasadnicza różnica między Bogiem a stworzeniem.