Johnson zaczęła nosić sukienki w wieku pięciu lat, ale zaprzestała tego z powodu nękania przez mieszkających w okolicy chłopców. W udzielonym w 1992 wywiadzie, Johnson opisała bycie ofiarą molestowania seksualnego w dzieciństwie przez jednego z chłopców. Johnson była przez to straumatyzowana aż do przeprowadzki do Nowego Jorku, przez co nie czuła pociągu seksualnego. W 1963, po ukończeniu szkoły średniej (Edison High School, obecnie Thomas A. Edison Career and Technical Academy), wyjechała do tego miasta z 15 dolarami i torbą ubrań. Po zamieszkaniu w Greenwich Village w 1966 pracowała jako kelner. Po poznaniu społeczności gejowskiej w mieście, Johnson poczuła, że może być sobą i odważyła się na coming out.
Performanse, drag i tożsamość Jako drag queen Johnson wybrała najpierw imię „Black Marsha”, ale potem zmieniła je na „Marsha P. Johnson”, gdzie Johnson wzięło się od restauracji Howard Johnson's na 42nd Street, a P od pay it no mind („nie przejmuj się tym”) – zwrotu, którego używała zapytana o tożsamość płciową. Johnson określała się różnymi terminami – jako gej (gay), transwestyta (transvestite) i drag queen (queen).