W latach 1682–1688 dokonał on faktycznej odbudowy świątyni od podstaw (z pierwotnego stanu zachowała się ściana północna do wysokości dachu, a ściany wschodnia i południowa – do wysokości okien). Być może część członków rodu von Wallenrodtów została tu pochowana, ale nie ma na to jednoznacznych dowodów (w kościele nigdy nie prowadzono badań archeologicznych, jednak znajdują się tu płyty pamiątkowe, które mogły mieć charakter nagrobny). Podczas odbudowy poddano renowacji kruchtę wejściową, wraz z lożą oraz dodano wieżę zachodnią, która zastąpiła wcześniejszą, drewnianą. W latach 1696–1697 założono strop drewniany, który został ozdobiony przez malarza Gottfrieda Haarhausena. Podczas renowacji wallenrodtowskiej dodano stalle, ławy dla wiernych, dekorację chóru muzycznego i loży kolatorskiej. Haarhausen pozostawił po sobie monogram GHH i datę 1696Kamienie Wilhelma, Kościół w Starym Mieście.