Wtyczki i funkcje aktualizacji BE2 sprawiają, że jest on wysoce unikalny i pozwala na znacznie dłuższy czas przetrwania na skompromitowanych systemach. Wtyczka wykorzystuje WMI do gromadzenia danych dotyczących hosta ofiary. BE2 zawiera również wtyczkę „Destroy”, która niszczy dane przechowywane na dyskach twardych ofiary poprzez nadpisywanie zawartości plików. Jeśli bot zostanie wykryty przez oprogramowanie antywirusowe, napastnik przepisuje tylko odkrytą część i wysyła aktualizację do botów. Ataki BlackEnergy w wersji 2, są szeroko rozpowszechnione geograficznie. Od końca 2013 roku zidentyfikowano ofiary BE2 w następujących krajach:
Rosja Ukraina Polska Litwa Białoruś Azerbejdżan Kurdysta Kazachstan Iran Izrael Turcja Libia Kuwejt Tajwan Wietnam Indie Chorwacja Niemcy Belgia Szwecja
BlackEnergy 3 (BE3) BE3 pojawiła się po raz pierwszy w 2014 roku. W porównaniu z BE2, BlackEnergy 3 podlega niewielkim zmianom. Oprogramowanie używa innego protokołu do komunikacji z jego wtyczkami. Co więcej, charakteryzuje się lżejszym interfejsem bez komponentu sterującego w trybie jądra (ang. ). Instalator BlackEnergy 3 wrzuca główny komponent DLL bezpośrednio do lokalnego folderu danych aplikacjiCherepanov A., Lipovsky R.