Chrześcijaństwo Chrześcijanie, głównie rzymskokatoliccy, anglikanie i prezbiterianie, stanowią około trzech piątych ludności Sudanu Południowego. Występowanie chrześcijaństwa jest wynikiem europejskich wysiłków misjonarskich, które rozpoczęły się w drugiej połowie XIX wieku. Według danych World Christian Database z 2015 roku 35,6% populacji Sudanu Południowego stanowią katolicy, 13,6% było anglikanami (Kościół Episkopalny Sudanu) i 8,7% należało do innych wyznań protestanckich.
Kościół Adwentystów Dnia Siódmego twierdzi, że posiada 46 486 wyznawców (0,4% populacji), dwa główne Kościoły baptystyczne mają razem 22,5 tys. członków, a Świadkowie Jehowy 1677 głosicieli.
Religie plemienne Około jednej trzeciej ludności praktykuje tradycyjne religie. Chociaż animiści w Sudanie Południowym mają pewne wspólne elementy wiary religijnej, każda grupa etniczna ma swoją własną rdzenną religię i wierzenia. Praktycznie wszystkie obecne tutaj tradycyjne religie podzielają koncepcję najwyższego ducha lub bóstwa, zwykle boga stwórcy.
Istnieją dwie koncepcje wszechświata: ziemski i niebieski lub widzialny i niewidzialny. Niebiański świat jest postrzegany jako zamieszkany przez istoty duchowe, których funkcją jest służenie jako pośrednicy lub posłańcy boga. W przypadku ludów nilotyckich duchy te identyfikowane są z przodkami.