W czerwcu 1940 roku okręt nominalnie znajdował się w składzie 12. dywizjonu, a jego dowódcą był nadal kpt. mar. Bazin. „Minerve” przebywała w Cherbourgu, gdzie przechodziła remont mający trwać do 1 sierpnia. 18 czerwca, wobec zbliżania się wojsk niemieckich do portu w Breście, „Minerve” i „Junon” holowane przez francuskie holowniki „Zeelew” i „Nessus” opuściły bazę, w eskorcie pomocniczych patrolowców „Pessac” i „Sauterne”. Okręty podwodne, przejęte przez brytyjskie holowniki „Queens Cross” i „Watercock”, dotarły 20 czerwca w towarzystwie niszczyciela do Plymouth. Po podpisaniu zawieszenia broni między Francją a Niemcami, 3 lipca Brytyjczycy przeprowadzili operację Catapult, zajmując siłą wszystkie francuskie okręty znajdujące się w portach brytyjskich (w tym niesprawną „Minerve”).