W Wittenberdze pozostał do końca życia zajmując się wyłącznie sporami teologicznymi i polemicznymi publikacjami, w których podejmował dyskusje z katolikami, kalwinistami i braćmi polskimi. Szczególnie zwalczał synkretystów i ich czołowego przedstawiciela, Georga Calixta, z którym pozostawał w sporze od Colloqium charitativum. Zyskał miano wybitnego polemisty. Wdał się też w ostry spór z Christianem Dreierem nadwornym kaznodzieją w Königsbergu, w wyniku którego elektor brandenburski Fryderyk Wilhelm w 1662 wydał edykt zakazujący brandenburskim studentom kształcenia się na fakultetach filozofii i teologii Uniwersytetu w Wittenberdze. Sposób polemik które prowadził spowodował poróżnienie z własnym księciem, Johannem Georgiem II, gdy bez jego zgody opublikował dzieło Historia Syncretismi (1682).
Zmarł w wyniku apopleksji. Po jego śmierci w kościele w Wittenberdze wzniesiono mu epitafium.
Dzieła thumb|200px|Biblia Calova z sygnaturą J.S.