Po dwóch latach znów wygrał pierwsza klasę, ale tym razem w barażach zajął pierwsze miejsce w grupie II i zdobył promocję do Gauligi Donau-Alpenland. Jednak ze względu na przebieg wojny coraz więcej graczy zostało powołanych do służby wojskowej, i klub był zmuszony wycofać się z Gauligi 20 kwietnia 1944 roku, dwie rundy przed końcem mistrzostw, ponieważ nie mógł już zebrać drużyny. Po wycofaniu się klub połączył się w kwietniu 1944 z SK Vorwärts Steyr, który był w podobnej sytuacji. Połączony klub z nazwą FG Steyr. W niedokończonym sezonie 1944/45 zajmował 4.miejsce w Oberdonauer 1. Klasse (D2).
Po zakończeniu II wojny światowej fuzja została rozwiązana i klub z nazwą SK Amateure Steyr kontynuował grę na drugim poziomie w Oberösterreicher Gruppe A (D2). W 1947 roku po raz pierwszy i ostatni zdobył Landespokal, wygrywając 3:0 w finale z ESV Westbahn Linz. W sezonie 1949/50 zajął czwarte miejsce w Landesliga Oberösterreich (D2). Klub awansował do Staatsligi B, która została wprowadzona w 1950 roku jako drugi poziom ligowy. Od 1950 do 1956 rozpoczęła huśtawka – klub co roku zmieniał ligi pomiędzy Staatsligą B a Landesligą Oberösterreich. W 1960 po wygraniu Landesligi Oberösterreich wrócił na dziewięć lat do drugiej ligi, zwanej Regionalliga Mitte. W 1969 klub spadł do 1. Landesligi Oberösterreich.