Na Borneo Północnym japońskie rządy stopniowo straciły jednak popularność. O ile w przypadku Chińczyków wrogość wobec okupanta budziły surowe represje, kontrybucje i pobór przymusowej siły roboczej, o tyle ludność autochtoniczna ucierpiała przede wszystkim na skutek pogarszającej się sytuacji gospodarczej. Wojna i okupacja spowodowały załamanie handlu kauczukiem, drewnem i abaką, które były dotąd głównymi produktami eksportowymi protektoratu. Gwałtownie rosnącemu bezrobociu towarzyszyły inflacja i niedobory towarów pierwszej potrzeby, w szczególności ryżu. Dużym ciężarem dla ludności były także nakładane przez Japończyków podatki.
Ruch oporu zaczął kiełkować między innymi w Jesselton (ob. Kota Kinabalu), ośrodku miejskim w zachodniej części protektoratu. Na jego czele stanął 22-letni Chińczyk, Albert Qwok (właśc. Guo Heng Nan). Choć jego oficjalnym zawodem było praktykowanie tradycyjnej medycyny chińskiej, pozostawał jednocześnie oficerem wywiadu rządu Czang Kaj-szeka. Do organizowania antyjapońskiej konspiracji przystąpił już latem 1942 roku. Jego współpracownikami byli m.in. chiński biznesmen Lim Teng Fatt i muzułmański imam o nazwisku Marajukin. Obaj pomogli mu nawiązać kontakt z ppłk. Alejandro Suarezem, przywódcą filipińskiej partyzantki na wyspach Tawi-Tawi. Na początku 1943 roku Qwok udał się na Filipiny.