W 1/16 finału Pucharu Króla Barcelona zmierzyła się z Deportivo Alavés. Po wygraniu w dwumeczu 6:1 (3:0 i 3:1) Blaugrana awansowała do następnej rundy. W 1/8 finału Barca natrafiła na klub Córdoba CF. Wygrywając dwumecz 7:0 (2:0 i 5:0) Barca awansowała do ćwierćfinału. W ćwierćfinale Blaugrana zmierzyła się z klubem Málaga CF. Po remisie 2:2 i wygranej 4:2 (dwumecz 6:4) Barcelona awansowała do kolejnej rundy. W półfinale Barcelona natrafiła na Real Madryt. W pierwszym meczu padł remis 1:1. W rewanżu Barca przegrała 1:3 i straciła szansę na wygranie Pucharu Króla w tym sezonie.
FC Barcelona brała udział także w turnieju Copa Catalunya. 29 maja 2013 roku, Barca zdobyła to trofeum pokonując RCD Espanyol 4:2 po rzutach karnych (w meczu padł remis 1:1).
19 grudnia 2012 roku ogłoszono, że u trenera Tito Vilanovy zdiagnozowano nawrót choroby nowotworowej, z którą rok wcześniej wygrał walkę. Trener musiał przejść operację a następnie terapię w związku z czym nie mógł prowadzić zespołu w kilku meczach, w trakcie których zastępował go jego asystent Jordi Roura. W sumie takich meczów było 8.