Drugi ładunek próbuje zapisać się do pamięci Flash BIOS-u. Możliwe, że niezamierzoną funkcją tego kodu jest to, że w BIOS-ach, w których wirusowi uda się zapisać pomyślnie, krytyczny fragment kodu BIOS zostaje nadpisany, co uniemożliwia uruchomienie komputera. Ta procedura działa tylko na niektórych urządzeniach i jest szczególnie skuteczna na maszynach z płytami głównymi opartymi na chipsecie Intel 430TX. Najważniejszym czynnikiem wpływającym na szanse powodzenia ataku jest rodzaj układu BIOS na płycie głównej. Różne układy pamięci BIOS (lub rodziny układów) mają specyficzne procedury umożliwiające zapis. CIH nie testuje rodzajów pamięci BIOS na zainfekowanym komputerze – ma tylko jedną sekwencję umożliwiającą zapis.
Jeżeli drugi ładunek pomyślnie zainfekuje pamięć BIOS, komputer w ogóle się nie uruchomi. Wówczas było zwykle konieczne przeprogramowanie lub wymiana układu BIOS, ponieważ większość systemów podatnych na CIH nie oferowało możliwości przywracania BIOS.