W 1896 pobrała się z Robertem Wesleyem McClung, farmaceutą, synem pastora metodystów i aktywnego członka Woman's Christian Temperance Union. Podobnie jak inne zamężne kobiety, porzuciła nauczanie.
Jako żona i matka czworga dzieci urodzonych w latach 1897–1911, Nellie McClung łączyła obowiązki domowe z pisaniem i poświęceniem reformom. W utrzymaniu domu pomagali jej zatrudnieni imigranci, których wkład z wdzięcznością opisywała w drugim tomie autobiografii „The Stream Runs Fast” (1945). Opierając się na własnym życiu twierdziła, że kobiety posiadają szczególne predyspozycje do wychowywania i opieki. Mężczyźni powinni być zachęcani do rozwijania takich cech, ale McClung brała pod uwagę w życiu prywatnym i publicznym, rzekomą uniwersalną matczyną wrażliwość, zapewniającą bardziej zrównoważony i lepszy świat.
Mieszkając w małym miasteczku do 1911 roku, Nellie McClung była aktywna we wpływowym chrześcijańskim ruchu, starając się podnieść materialne i duchowe życie narodu, prowadząc krucjatę wyborczą oraz kwestionując męski autorytet we wszystkim, od gospodarstwa domowego po pracę zawodową. W gronie jej przyjaciół byli James Shaver Woodsworth z Winnipeg's All People’s Mission oraz felietoniści Winnipeg Free Press Cora Hind i Lillian Beynon Thomas.