W 2011, po roku odroczenia, zaczął studia na Uniwersytecie Nowojorskim. Początkowo planował uczyć się w szkole filmowej, lecz ostatecznie postanowił zapisać się do Gallatin School of Individualized Study, gdzie zajmował się naukami humanistycznymi, a w szczególności archeologią, biorąc udział w wykopaliskach i wykonując prace laboratoryjne. Specjalizował się w systemach informacji geograficznej i obrazowaniu satelitarnym. Podczas nauki brał udział w letnich wykopaliskach w Europie i Azji. Sprouse kolekcjonuje antyczne maski. W ramach pracy licencjackiej, podczas wykopalisk prowadzonych w Bułgarii odkrył maskę Dionizosa.
Od czerwca 2018 do marca 2020 był związany z Lili Reinhart. W lipcu 2021 potwierdził trwający od marca związek z Ari Fournier.
3 czerwca 2020 w Santa Monica, dziewięć dni po zabójstwie George’a Floyda, czarnoskórego Amerykanina podczas interwencji policji w Minneapolis w stanie Minnesota, wziął udział w pokojowym proteście „Black Lives Matter”, czym wyraził swój sprzeciw wobec rasizmu dotyczącego Afroamerykanów, za co wraz z innymi protestującymi został zatrzymany. 21 czerwca został oskarżony przez użytkowniczkę twittera o molestowanie seksualne, którego miał się dopuścić w 2013 roku podczas imprezy w Nowym Jorku.