Podczas pracy nad biologią grzybów bardziej zainteresował się metabolitami wtórnymi tych organizmów, zwłaszcza porostów. Publikował o bardziej ogólnych problemach związanych z biologią porostów, szczególnie z rodzaju Cladonia. Był pierwszym, który do oznaczania gatunków porostów wykorzystał odczynniki chemiczne. Swoje osiągnięcia w tym zakresie opublikował w pracy Die Flechtenstoffe in chemischer, botanischer, pharmakologischer und technischer Beziehung. Opisał w niej ponad 150 związków chemicznych znalezionych w porostach. Co prawda nie opisał struktury przestrzennej ich cząsteczek, ale od jego pracy zaczęła się badanie chemii porostów. Jako pierwszy zauważył, że grzyb Arthrobotrys oligospora aktywnie atakuje małe nicienie.
Opisał wiele nowych taksonów grzybów i porostów, dokonał też wielu przesunięć taksonomicznych wśród wcześniej opisanych taksonów. W ich nazwach naukowych dodawany jest cytat taksonomiczny Zopf. Edvard Vainio upamiętnił go nazywając jego nazwiskiem porost Cladonia zopfii.