Jednak cały czas narastało napięcie pomiędzy rządem a republikanami, którzy nie potrafili zaakceptować monarchistycznego charakteru konstytucji i domagali się proklamowanie republiki. Większość z nich przeciwna była także centralistycznemu państwu, optując ze jego przekształceniem w kierunku zdecentralizowanej federacji regionów. We wrześniu i październiku 1869 roku wybuchło powstanie republikańskie, które objęło Barcelonę, Saragossę, Walencję oraz wiele miejscowości w Andaluzji, które zostało stłumione przy pomocy wojska. Rząd zawiesił swobody konstytucyjne, a Kortezy wprowadziły stan wojenny. Podobne wystąpienia i następujące po nich represje, powtarzały się wielokrotnie w całym okresie między obaleniem Izabeli II i burbońską restauracją.
Konspirowali również karliści, którzy z silnym poparciem neokatolików prowadzili działalność konspiracyjną przeciwko rządowi i nawet wybrali swojego pretendenta do tronu – młodego Karola VII.
Jedną z pierwszych decyzji nowego rządu w 1868 roku było ogłoszenie wolności kultu, która znosiła wszelkie dotychczasowe restrykcje wobec niekatolickich wyznań.