W przeszłości ludność regionu była pod wpływem politycznym i kulturowym Sułtanatu Ternate (Moluki Północne) i przejęła lokalną odmianę języka malajskiego. Rodzime mity Minahasa, wraz z pożyczkami językowymi, potwierdzają ich związek z ludem Ternate i regionem północnych Moluków. W przeciwieństwie do pobliskich ludów Gorontalo i Bolaang-Mongondow nie ulegli jednak islamizacji. Kontakty z Europejczykami utrzymywali od XVI wieku. Dotarły do nich wpływy portugalskie, hiszpańskie i holenderskie. W II poł. XVI wieku przybyli pierwsi portugalscy misjonarze. Niemniej aż do lat 20. XIX wieku zasięg chrześcijaństwa ograniczał się do pewnych nadbrzeżnych miejscowości. Historycznie region Minahasa miał strategiczne znaczenie w handlu azjatyckim, ze względu na swoje położenie między Morzem Moluckim a Celebes.
Pod wpływem europejskim porzucili znaczną część swojej rodzimej kultury. Są jedną z indonezyjskich grup etnicznych, u których bardzo szybko doszło do przemian spowodowanych kolonizacją. Szeroko zakrojona działalność misjonarzy protestanckich w XIX wieku doprowadziła do pomyślnej chrystianizacji ludności Minahasa, a holenderski system szkolnictwa przyczynił się do rozpowszechnienia języka malajskiego, pełniącego funkcję spoiwa dla nowej tożsamości Minahasa.