W okresie okupacji działalność szkoły była przerwana. W budynkach szkolnych w Trzepowie mieścił się szpital wojskowy. W czasie odwrotu hitlerowców cały obiekt został zaminowany i miał ulec zniszczeniu. Niemcy nie zdążyli jednak wysadzić w powietrze szkoły, jak uczynili to z odległą o 2 km Szkołą Rolniczą Męską w Niegłosach, której już nigdy nie odbudowano.
Szkoła w Trzepowie wznowiła swoją działalność dydaktyczną i gospodarczą w kwietniu 1945 roku. Pierwszy rok szkolny rozpoczął się 6 kwietnia i trwał do 1 sierpnia. Dziewczęta pobierały naukę w Państwowym Gimnazjum Rolniczym Żeńskim, a później w Liceum Rolniczo – Gospodarczym o 3 – letnim cyklu nauczania. Pierwszym po wojnie dyrektorem została Anna Borzymowska, która pełniła taką funkcję do roku 1951. W roku 1948 w Trzepowie powstało 4 – letnie Państwowe Liceum Rolnicze Żeńskie, przemianowane w roku 1952 na 4 – letnie Państwowe Technikum Rolnicze. Od roku 1951 funkcję dyrektora szkoły pełniła Antonina Wolska. W tym czasie ważnym wydarzeniem była pierwsza matura (rok 1952). Szkołę opuściły wtedy 32 absolwentki. W tym powojennym okresie struktura organizacyjna szkoły ulegała jeszcze wielokrotnym zmianom.