Języki Raja Ampat – grupa spokrewnionych języków austronezyjskich używanych w archipelagu Raja Ampat w prowincji Papua Zachodnia na wschodzie Indonezji. Do grupy tej należą następujące języki: ma’ya (z dialektami: misool, salawati, laganyan/legenyem, wauyai, kawe), matbat, biga, ambel (syam, waigeo), bata (batanta), maden (salawati) oraz peryferyjne as i gebe.
A. van der Leeden (1993) rozpatruje te języki jako samodzielną podgrupę języków halmahersko-zachodnionowogwinejskich (SHWNG), uznając ich tonalność za istotny wyznacznik fonologiczny. Ethnologue (wyd. 23) klasyfikuje je w ramach języków zachodniowonowogwinejskich. A.C.L. Remijsen (2001) uważa tę propozycję za nieprzekonującą i zalicza języki Raja Ampat do języków południowohalmaherskich, na podstawie wniosków fonologicznych. D. Kamholz (2014) również wiąże języki Raja Ampat z południowohalmaherskimi, lecz tych pierwszych nie uznaje za spójną grupę genetyczną. Wcześniej związek między austronezyjskimi językami Halmahery a Raja Ampat postulował R. Blust (1978), posiłkując się danymi z języków ma’ya i matbat.