Wewnętrzny podział języków malajskich stanowi przedmiot dyskusji lingwistycznej. W toku badań językoznawczych wypracowano różne hipotezy dotyczące ich pochodzenia i klasyfikacji. Ponadto nie istnieje ścisłe rozróżnienie między językami malajskimi (odrębnymi językami austronezyjskimi) a dialektami języka malajskiego (właściwego). Część spośród języków malajskich jest blisko spokrewniona z malajskim właściwym – należą tutaj m.in. kerinci i minangkabau, inne zaś są wyraźnie od niego oddalone (np. iban czy kanayatn). Z perspektywy historycznej i społecznej niektóre z nich są związane z tzw. „światem malajskim” (alam Melayu), ale pozostałe to języki odrębne socjolingwistycznie. Języki malajskie ze wschodniej Indonezji, o słabo określonej proweniencji, bywają rozpatrywane jako języki kreolskie.
Lokalne formy języka malajskiego (bądź języki malajskie) wykazują znacznie większe zróżnicowanie wewnętrzne niż standardy narodowe z Indonezji, Malezji i Brunei. Standard kodów językowych ISO 639-3 odnotowuje istnienie tzw. makrojęzyka malajskiego (kod: msa), w ramach którego grupuje szereg języków malajskich. Wiele z tych odmian (jak np.