Przemiany ustrojowe początku lat 90. zastały wioślarzy AZS Politechniki w bardzo złej sytuacji. Brak było nie tylko funduszy, ale też nowoczesnego sprzętu. Pomimo tego, wychowanek klubu, A. Marszałek, w 1992 wystartował na Igrzyskach Olimpijskich w Barcelonie, gdzie zajął V miejsce, a inni zawodnicy zdobywali medale na akademickich mistrzostwach świata w 1992 i 1994. Pomoc byłych zawodników i działaczy pozwoliła w połowie lat 90. na zakup nowoczesnego sprzętu i większe nabory nowych zawodników. Zaowocowało to startami juniorów w mistrzostwach świata tej kategorii wiekowej i brązowym medalem MŚJ Pauliny Kulki (Poznań 1995). Z grupy juniorów największe sukcesy odniósł później P. Rańda, młodzieżowy Mistrz Świata z 2001, a następnie medalista mistrzostw świata i Europy seniorów, a przede wszystkim srebrny medalista Igrzysk Olimpijskich w Pekinie.
W drugiej dekadzie XXI wieku, oprócz sukcesów P. Rańdy, sekcja wioślarska AZS Politechniki odnotowuje starty młodszych zawodników w mistrzostwach świata juniorów: J. Kobeckiego w 2010, P. Syposza w 2011 i 2012, P. Sadowskiej w 2013 i startami zawodników w mistrzostwach Europy juniorów.