Szkoła w latach 1990–2010 W 1990 r. powstało międzyszkolne koło NSZ „Solidarność”, którego przewodniczącym został Tomasz Osowski (nauczyciel Szkoły Podstawowej nr 3), zapisało się pięciu nauczycieli Szkoły nr 1 do nowego związku. 1 stycznia 1996 r. szkoły podstawowe, w tym jedynka przeszły pod opiekę samorządów terytorialnych. Nadzór pedagogiczny pozostał przy Kuratorium Oświaty i Wychowania. Od stycznia 1993 r. oddziały przedszkolne znalazły się pod zarządem Burmistrza miasta Przasnysza. W 1996 r. w związku z nie rozstrzygnięciem konkursu na dyrektora, gdyż żaden z dwóch kandydatów nie otrzymał wymaganej ilości głosów, Rada Miejska powołała na stanowisko dyrektora szkoły Arkadiusza Siejkę, nauczyciela Szkoły Podstawowej nr 2.
W końcu lat 90. XX wieku rozpoczął się okres przygotowań do gruntownej reformy oświaty, w wyniku której przez dwa lata Szkoła funkcjonowała jako Zespół Szkół obejmujący szkołę podstawową i gimnazjum. W 1998 r. Szkoła Podstawowa nr 1 w Przasnyszu obchodziła swoje 80-lecie. W latach 1999–2002 realizowano europejski program „Sokrates Comenius”, co spowodowało nawiązanie kontaktów ze szkołami z Portugalii, Czech i Austrii. W latach 2000–2001 utworzono pierwszą klasę integracyjną. Powstawały kolejne oddziały z uczniami niepełnosprawnymi. W roku szkolnym 2004/2005 Szkoła uzyskała tytuł: „Szkoła z klasą”.