Jesienią 2021, na podstawie anonimowego donosu, rektor Piotr Borek oskarżył studenta Jakuba Gajdę, że ten groził władzom uczelni wystrzelaniem z kupionego przez siebie pistoletu, „co prawda na wodę”. Rektor zaalarmował policję i prokuraturę oraz podjął decyzję o zawieszeniu Gajdy w prawach studenta. Policja umorzyła postępowanie 30 grudnia, jednak uczelnia złożyła na to dwa zażalenia, jedno sygnowane przez kanclerza Krzysztofa Wąsowicza, drugie – przez prorektora ds. kształcenia i rozwoju Roberta Stawarza. Ostatecznie postępowanie umorzono w marcu 2022, jednak Jakub Gajda otwarcie mówił, że „Uniwersytet Pedagogiczny chciał go zniszczyć”. List do rektora Borka z poparciem dla szykanowanego studenta Gajdy podpisało 1494 osób, głównie ze środowiska akademickiego, co jednak nie skłoniło władz uczelni do żadnych przeprosin pokrzywdzonego, a tym bardziej – do rekompensaty krzywd.
Także jesienią 2021 rektor Piotr Borek zaczął zwalniać wspomnianych związkowców z Inicjatywy Pracowniczej, m.in. z kierunku Pedagogika Specjalna wieloletnią Pełnomocniczkę ds.