Z drugiej strony, podobnie jak pozostałe dwie instytucje prowadzące najpopularniejsze rankingi (Akademicki Ranking Uniwersytetów Świata i Światowy Ranking Uniwersytecki QS), pismo „Times Higher Education” krytykowane jest za sposób kompilowania rankingów uniwersyteckich. Powodem tych negatywnych ocen są niekompletne bazy danych, z których korzystają te trzy ośrodki, co prowadzi do skrajnej tendencyjności w stosunku do publikacji nieanglojęzycznych, co przekłada się na niższy wynik w zestawieniach tych uczelni, których prace cytowane są w periodykach pisanych w języku innym niż angielski.
Krytyka dotyczy też marginalizowania w rankingach szkół wyższych dwóch dziedzin, nauk społecznych i humanistycznych. Faworyzowanie w tych rankingach publikacji z zakresu nauk ścisłych i tych w języku angielskim wynika z różnego sposobu publikowania periodyków, ale też z nawyków cytowania w różnych dziedzinach.