Twórczość Twórczość Voglera pozostała w większości w rękopisach. Jego kompozycje instrumentalne popadły w zapomnienie, większym zainteresowaniem cieszyły się jedynie jego dzieła sceniczne, wypływające z tradycji opery francuskiej i włoskiej oraz singspielu. Był rzecznikiem pełnego wykorzystania możliwości kolorystycznych instrumentów muzycznych, w tym gry w niskich rejestrach. Prowadził ożywioną działalność jako pedagog i teoretyk, choć jego pisma wzbudzały żywe kontrowersje. Wysoko cenił twórczość Palestriny, przyczyniając się do wydobycia jego muzyki z zapomnienia.
Ceniony wysoko jako organista-wirtuoz i improwizator. Chciał wyprowadzić organy jako instrument koncertowy z kościoła. Podczas swoich podróży koncertowych wykorzystywał zbudowany według jego instrukcji przenośny instrument zwany orchestrion. Pracował nad tzw. systemem symplifikacji, wedle reguł którego zamierzał zbudować instrument nazywany „orkiestrą z klawiaturą”, mający zastąpić orkiestrę symfoniczną. Jego budowa okazała się jednak zbyt skomplikowana dla organmistrzów.