Z żołnierzami NSZ ewakuowała się do Śródmieścia, gdzie spotkała ewakuowanych ze Starówki członków Związku Syndykalistów Polskich wspólnie z anarchistami, wśród których znajdował się jej mąż - Paweł Lew Marek. Zostało stworzone Syndykalistyczne Porozumienie Powstańcze. Organizacja oprócz funkcji politycznych stworzyła Brygadę Syndykalistyczną podległą Polskiej Armii Ludowej. Oddział składał się z anarchistów i syndykalistów walczących do tej pory w szeregach Armii Krajowej i PAL, żołnierzy oddziału ZSP – 104 Samodzielnej Kompanii Syndykalistów oraz Żydów pochodzących m.in. z Węgier i Grecji. Brygada obsadziła barykadę u wylotu ul. Hożej na Plac Trzech Krzyży.
Część 250 osobowego oddziału po kapitulacji powstania wyszła z ludnością cywilną, część w kolumnach wojskowych, a część trafiła do niewoli i ujawniła się w obozie przejściowym w Pruszkowie w Dulagu 121. Natomiast Stefania Marek, a także 40 innych osób z Brygady, postanowili nie wychodzić z Warszawy w obawie przed wywózką do obozu śmierci lub rozstrzelaniem. Ukryli się w zamaskowanym bunkrze i postanowili czekać. Z ukrycia wyszli dopiero 18 stycznia, kiedy do Warszawy wkroczyła Armia Czerwona oraz Ludowe Wojsko Polskie.