W roku 1427 naczynia i księgi wysłano do klasztoru bożogrobców na Zderazu w Pradze, lecz Biblia nyska pozostała w Nysie (być może jako podziękowanie za przechowanie dóbr). W roku 1622 biskup wrocławski Karol Habsburg sprowadził jezuitów do Nysy i przekazał im coraz bardziej upadający klasztor bożogrobców. W ten sposób Biblia nyska stała się własnością jezuitów do roku 1810 gdy w państwie pruskim sekularyzowano zakony. Wówczas kodeks znajdował się z założonym przez jezuitów kolegium „Carolinum” gdzie był przechowywany do końca II wojny światowej. Wówczas w ramach „odniemczania” zbiory biblioteki „Carolinum” zostały przekazane do Biblioteki Narodowej, Biblioteki Uniwersyteckiej we Wrocławiu i KUL. Ponieważ manuskrypt został wypożyczony na wystawę do nyskiego muzeum pozostał w Nysie. Od 1947 roku manuskrypt należy do zbiorów Muzeum Powiatowego w Nysie.