Po ukończeniu szkolenia, McGee został wysłany do Włoch w lutym 1944 r. do 302. Dywizjonu Myśliwskiego 332. Grupy Myśliwskiej, która eskortowała ciężkie bombowce 15 Armii Powietrznej w drodze nad cele w okupowanej Europie. Do czasu swojego powrotu do Stanów Zjednoczonych, po odsłużeniu wymaganego okresu, McGee wykonał 137 misji bojowych. W stopniu kapitana powrócił do Tuskegee Institute, gdzie został instruktorem lotniczym. Po wojnie McGee pozostał w US Air Force, będąc instruktorem w bazach (Army Air Force Base) Godman w Kentucky, Freeman w Indianie i Lockbourne w Ohio.
Jako pilot wojskowy służył również w wojnie koreańskiej, wykonując 100 misji bojowych i osiągając rangę majora. W czasie wojny wietnamskiej wykonał 172 misje bojowe i dosłużył się stopnia podpułkownika. Przechodząc na emeryturę 31 stycznia 1973 r., w stopniu pułkownika, miał wykonane więcej misji niż jakikolwiek inny pilot US Air Force (409) i wylatane 6308 godzin. W 1978 r. ukończył przerwane przez II wojnę światową studia na Columbia College w Missouri. W 2011 r. wprowadzony został do National Aviation Hall of Fame w Dayton. 4 lutego 2020 r. prezydent Donald Trump promował go do stopnia generała brygady.