Przed 1939 rokiem kodeks został przeniesiony do Archiwum Diecezjalnego.
Jeszcze w 1939 roku, 9 grudnia, Seminarium Duchowne w Płocku zostało zamknięte przez władze okupacyjne. W styczniu pojawiła się w nim trójosobowa komisja w składzie: dr , dr i dr . W związku z decyzją Schutzstaffel o wykorzystaniu budynku seminarium jako kwatery dowództwa, naukowcy ustalili przeniesienie zasobów rękopiśmienniczych do Królewca. Sam transport zorganizowany został przez SS, przy czym według naocznego świadectwa, załadunek przeprowadzali zmuszeni do tego Żydzi. Manuskrypty przewieziono samochodem do stacji kolejowej w Sierpcu, skąd koleją dotarły do miejsca docelowego. Według Kurta Forstreutera miało do tego dojść pod koniec kwietnia 1940 rokuPismo dra Kurta Forstreutera, kuratora Staatliches Archivlager Göttingen, z dnia 20.07.1957, do rektora Georg-August-Universität Göttingen, w: ., zaś relacja naocznego świadka mówi o wiośnie roku 1941. O pozyskaniu Biblii płockiej napisała gazeta Südostpreußische Tageszeitung z 26 sierpnia 1941 roku. Powołując się na relacje dr.