Od 1946 roku przysługiwał mu tytuł profesora nadzwyczajnego, zaś od 1962 zwyczajnego.
Oprócz pracy w łódzkich uczelniach angażował się też w nauce na szczeblu krajowym: w latach 1950–1954 stał na czele Komisji Chirurgicznej Rady Naukowej działającej w Ministerstwie Zdrowia, zaś w latach 1957–1963 brał udział w pracach Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego. W ramach swoich zainteresowań nad problematyką nauczania wyższego odwiedził wiele zagranicznych uczelni, zarówno państw bloku socjalistycznego (NRD, Czechosłowacja), członków NATO (USA, Wielka Brytania, Francja, Grecja) jak i trzeciego świata (Indie). Tematyka ta znalazła odzwierciedlenie w jego artykułach i odczytach. Przyczynił się do reformy polskiego medycznego szkolnictwa wyższego.
Do ściśle medycznych zainteresowań naukowych Mariana Stefanowskiego, w których wniósł największy wkład do nauki, należały przede wszystkim problem chirurgii trzustki – zwłaszcza leczenie nowotworu tego narządu – oraz zagadnienie wstrząsu pourazowego. Badał też kwestie związane z chirurgią innych narządów, oraz problematykę powikłań pooperacyjnych.