663 Góry ShirakamiShirakami-sanchi 100x100px JpAkitaPrefektura Aomori PJp(ix) 1993 Północna część wyspy Honsiu z ostatnimi połaciami dziewiczych lasów chłodnej strefy umiarkowanej – lasów bukowych z dominującym bukiem karbowanym; lasy zamieszkują niedźwiedzie japońskie, serau kędzierzawe i 87 gatunków ptaków. 688 Zespół zabytkowy dawnego Kioto (miasta Kioto, Uji i Ōtsu)Historic Monuments of Ancient Kyoto (Kyoto, Uji and Otsu Cities) 100x100px JpPrefektura KiotoPrefektura Shiga KJp(ii)(iv) 1994 Kioto, wzniesione w 784 roku, wzorowane było na stolicach dawnych Chin i jest doskonałym przykładem rozwoju drewnianej architektury japońskiej i sztuki ogrodowej. 734 Zabytkowe wioski Shirakawa-go i GokayamaHistoric Villages of Shirakawa-go and Gokayama 100x100px JpPrefektura GifuPrefektura Toyama KJp(iv)(v) 1995 Wioski w odizolowanym regionie górskim z charakterstycznymi domami budowanymi w stylu gasshō-zukuri. 775 Pomnik Pokoju w HiroszimieHiroshima Peace Memorial (Genbaku Dome) 100x100px JpPrefektura Hiroszima KJp(vi) 1996 Pomnik Pokoju w Hiroszimie – ruiny centrum wystawowego, zachowane jako pomnik upamiętniający zrzucenie bomb atomowych na Hiroszimę i Nagasaki;